Theo Công văn số 4133/TLĐ-ToC ngày 23/5/2025 của Tổng Liên đoàn lao động Việt Nam hướng dẫn công đoàn cơ sở như sau: “Thời gian dừng thu đoàn phí, kinh phí công đoàn đối với đoàn viên công đoàn, công đoàn cơ sở cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp hưởng 100% lương ngân sách nhà nước, lực lượng vũ trang (không thuộc đối tượng tập hợp của Công đoàn Việt Nam) từ ngày 01/6/2025”. Điều này đồng nghĩa với việc công đoàn cơ sở trong trường học công lập sẽ không còn nữa.

Sau khi Công đoàn ngành Giáo dục tỉnh Thái Bình giải thể vào tháng 3/2025, Công đoàn Trường THPT Chuyên Thái Bình chuyển về thuộc sự quản lý trực tiếp của Liên đoàn Lao động thành phố Thái Bình. Tháng 6/2025, Liên đoàn Lao động thành phố Thái Bình ra quyết định về việc giải thể Công đoàn cơ sở do LĐLĐ thành phố trực tiếp quản lý, trong đó có Công đoàn Trường THPT Chuyên Thái Bình.   

Mặc dù đã chấm dứt hoạt động nhưng những đóng góp to lớn của Công đoàn Trường, BCH Công đoàn Trường qua các thời kỳ cho sự phát triển của Trường THPT Chuyên Thái Bình luôn luôn được tập thể cán bộ, giáo viên, nhân viên nhà trường ghi nhớ, đánh giá cao.